温室农作相对密闭，能够有效避免害虫对植物的破坏，但温室并不是完全没有一点害虫，我们常见的有蓟马、蚜虫、白粉虱等，它们往往伴随着通风换气、幼苗等物质交换等形式以成虫或虫卵进入温室，依然对温室农作造成的潜在威胁。

温室果蔬素以无公害为推广卖点，因此温室通常情况下不会进行喷洒农药应对病虫害。多采用物理防虫或生物防虫的方式进行控虫。

物理防虫，在温室里面使用诱虫陷阱（也叫粘虫带）进行虫控，该产品是遵循农业生产绿色、环保、无公害发展理念诞生的，利用昆虫的趋光性趋色性诱补害虫，并利用自身的胶水牢牢的把害虫黏在自身表面。因整个产品无毒无味，诱虫陷阱在防虫除虫的同时，避免污染温室种植环境和农作产品受到影响。此外诱虫陷阱只会粘黏对植物有害的昆虫，对于温室内的负责传粉的蜜蜂，不会有任何的伤害。

而生物防虫则是人为的在温室中饲养害虫的天敌，通过天敌捕杀害虫来保护作物。这些天敌只以害虫为食，不会伤害温室中种植的作物。